Taq DNA polymerase (Hebrew): Difference between revisions
No edit summary |
No edit summary |
||
| Line 45: | Line 45: | ||
. | . | ||
You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia <ref>DOI 10.1002/ijch.201300024</ref> or to the article describing Jmol <ref>PMID:21638687</ref> to the rescue. | You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia <ref>DOI 10.1002/ijch.201300024</ref> or to the article describing Jmol <ref>PMID:21638687</ref> to the rescue. | ||
<scene name='70/701971/832_amino_acid/1'>חומצות אמינו</scene> | <scene name='70/701971/832_amino_acid/1'>חומצות אמינו</scene> | ||
<scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'>מבנה שניוני</scene> | <scene name='70/701971/Secondary_strucutre/2'>מבנה שניוני</scene> | ||
<scene name='70/701971/3_functional_domains/2'>המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים</scene> | <scene name='70/701971/3_functional_domains/2'>המחולקות ל-3 דומיינים פונקציונליים</scene> | ||
<scene name='70/701971/Binding_to_dna/5'>איזור קושר דנ"א</scene> | <scene name='70/701971/Binding_to_dna/5'>איזור קושר דנ"א</scene> | ||
<scene name='70/701971/One_chain/1'>שרשרת אחת</scene> | <scene name='70/701971/One_chain/1'>שרשרת אחת</scene> | ||
<scene name='70/701971/Zn2/4'>2</scene> | <scene name='70/701971/Zn2/4'>2</scene> | ||
Revision as of 22:33, 9 June 2015
(טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase (טאק פולימראז) Taq DNA Polymerase
רקע רקע
Taq Polymerase (טאק פולימראז) הוא דנ"א פולימראז שעמיד בחום, הנקרא על שם החיידק התרמופילי Thermus aquaticus. האנזים בודד לראשונה מהחיידק Thermus aquaticus על ידי Thomas D. Brock ב-1965. ב-PCR, שיטה המשמשת להגברת מקטעים קטנים של דנ"א, משתמשים לעיתים קרובות בטאק פולימראז.
תפקוד החלבון תפקוד החלבון
כהכנה לקראת חלוקת התא מתרחשת הכפלה של הדנ"א. תפקידו של הדנ"א פולימראז הוא לאפשר את היצירה של מולקולות דנ"א מנוקליאוטידים בודדים על בסיס תבנית דנ"א קיים, ובאופן זה מתבצעת ההכפלה. תהליך זה הכרחי לכל היצורים החיים, ולכן כל היצורים החיים מכילים צורה כלשהי של דנ"א פולימראז. קיימים מספר סוגים של דנ"א פולימראז ולחלקם יש פעילות אקסונוקלאזית, כלומר הם יכולים לחתוך נוקלאוטידים מגדיל דנ"א. דבר זה שימושי בתהליכי תיקון טעויות (proofreading) במהלך הכפלת הדנ"א. לטאק פולימראז אין פעילות של אקסונוקלאז מ-'3 ל-'5, אבל יש לו יכולת אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3, שמנוצלת עבור חיתוך תחלים של מקטעי אוקזאקי.
מבנה החלבון מבנה החלבון
|
טאק דנ"א פולימראז הוא חלבון המורכב מ-832 (כל אחת מסומנת בצבע אחר), המהוות את המבנה הראשוני שלו ומשקלו המולקולארי 94 קילו דלתון. המבנה השניוני של החלבון מורכב (המסומנים בורוד) (המסומנים בצהוב). ניתן לראות שבטאק פולימראז יש יותר סלילי אלפא מאשר משטחי בטא. הוא מורכב מ, כלומר ללא מבנה רבעוני (מסומנת בצבע חום).
לטאק דנ"א פולימראז (המסומנים כל אחד בצבע שונה) הנבדלים זה מזה בפעילותם הביולוגית:
1) מתחם בעל פעילות אקסונוקלאזית מ-'5 ל-'3 (מורכב מחומצות אמינו 1-290). בתוך המתחם הזה ישנם עשר חומצות אמינו שמורות בעלות שייר חומצי, והן: אספרטט בעמדה 18, 67, 119, 120, 142, 144, 188 ו-191 ; גלוטמט בעמדה 76 ו-117. העמדות 18, 119 ו-142 מהוות (Zn+2) (אתר הקישור מסומן בירוק). העמדות 142, 144 מהוות אחד (Mg+2) (אתר הקישור מסומן בסגול), והעמדות 116, 117 ו-120 מהוות אתר קשירה ליון מגנזיום שני (Mg+2) (אתר הקישור מסומן באדום). הקישור ליונים הללו נחוץ לפעילות תקינה של החלבון.
2) המתחם מורכב מחומצות אמינו 291-423. מתחם זה דומה במבנהו למתחם מקביל בדנ"א פולימראז של החיידק אי-קולי. ההבדל בין שני המתחמים, הוא שאצל הראשון (טאק) חסרות מספר חומצות אמינו לעומת השני. הבדל זה כנראה הוא גם הסיבה לכך שלפולימראז של האי-קולי קיימת יכולת אקסונוקלאזית מ-'3 ל-'5, מה שכאמור לא קיים בטאק פולמיראז. כתוצאה מכך אין לו יכולת תיקון טעויות. בנוסף, טאק פולימראז מייצר טעויות בהחלפת בסיס בקצב של טעות אחת ל-9000 נוקלאוטידים שמסונתזים. לכן בצירוף שני הנתונים הללו אמינות השכפול שלו נחשבת נמוכה יחסית.
3) מתחם פולימראז (מורכב מחומצות אמינו 424-832) האחראי להכניס נוקלאוטידים חדשים לתוך גדיל הדנ"א הנבנה. צורתו היא מעין "יד פתוחה" כאשר ה"אצבעות" מסוגלות לזהות את ארבעת הבסיסים של הדנ"א. ה"יד הפתוחה" של הטאק פולימראז עוטפת את גדיל הדנ"א, דבר שמביא בעקבותיו שינוי מרחבי ובעקבות כך הוספת בסיסים לגדיל הדנ"א הנבנה. מתחם זה ממוקם בקצה הקרבוקסילי של האנזים, ומעניין לציין כי הוא כמעט זהה למקטע המקביל שלו בדנ"א פולימראז של האי-קולי.
בהשוואה לדנ"א פולימראז מהאי קולי, טאק פולימראז מכיל ארבעה קשרי מימן נוספים, שני גשרי מלח הידרופוביים במקום הידרופוליים במקור. ייתכן, ומבנה שונה זה מקנה לטאק פולימראז את יכולת העמידות בטמפרטורת גבוהות.
PCR-השימוש בחלבון ב PCR-השימוש בחלבון ב
Thermus aquaticus הוא חיידק שחי במעיינות חמים, ובהתאם אנזים השכפול שלו טאק פולימראז עמיד לתנאי הדנטורציה של הדנ"א (טמפרטורות גבוהות) שנדרשים במהלך ה-PCR. האנזים החליף את הדנ"א פולימראז מהאי-קולי שהשתמשו בו במקור ב-PCR. הטמפרטורה המיטבית (אופטימאלית) עבור פעילות של טאק היא 72-75 מעלות צלזיוס, עם יכולת שכפול של 1000 נוקליאוטידים של דנ"א בפחות מ-10 דקות ב-72 מעלות צלזיוס. טאק יציב בטמפרטורה של 95 מעלות צלזיוס, הטמפרטורה שנדרשת עבור דנטורציה של סליל דנ"א (כלומר, ניתוק הקשרים בין 2 גדילי הדנ"א ויצירת דנ"א חד גדילי). משתמשים בטאק באופן נרחב ב-PCR (פרוצדורה של הגברת מקטעי דנ"א), וזאת בשל העמידות שלו לחום. תכונה זו של האנזים מאפשרת להוסיפו רק פעם אחת בתחילת תהליך ה-PCR. לסיכום, טאק פולימראז הוא כלי בעל ערך בתחום הביולוגיה המולקולארית, בשל היותו מרכיב מפתח בתהליך ה-PCR.
.
You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia [1] or to the article describing Jmol [2] to the rescue.
This is a sample scene created with SAT to by Group, and another to make of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.
ReferencesReferences
- ↑ Hanson, R. M., Prilusky, J., Renjian, Z., Nakane, T. and Sussman, J. L. (2013), JSmol and the Next-Generation Web-Based Representation of 3D Molecular Structure as Applied to Proteopedia. Isr. J. Chem., 53:207-216. doi:http://dx.doi.org/10.1002/ijch.201300024
- ↑ Herraez A. Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. Biochem Mol Biol Educ. 2006 Jul;34(4):255-61. doi: 10.1002/bmb.2006.494034042644. PMID:21638687 doi:10.1002/bmb.2006.494034042644