SN2 reaction (Hebrew): Difference between revisions

← Older edit

Proteopedia Page Contributors and Editors (what is this?)Proteopedia Page Contributors and Editors (what is this?)

Veronika Pelekhov

@@ Line 1: / Line 1: @@
 ==S<sub>N</sub>2 התמרה נוקלאופילית - מנגנון==
-<StructureSection load='1stp' size='340' side='right' caption='Caption for this structure' scene=''>
+''' [[en:SN2 reaction]]
-This is a default text for your page '''SN2 reaction (Hebrew)'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &lt; and &gt; signs.
+<jmol><jmolApplet>
-You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia <ref>DOI 10.1002/ijch.201300024</ref> or to the article describing Jmol <ref>PMID:21638687</ref> to the rescue.
+<float>right</float>
+<color>gainsboro</color>
+<uploadedFileContents>Sn2_for_Veronika.xyz</uploadedFileContents>
+<script>dots off; wireframe 30; spacefill 90; label off;</script>
-== Function ==
+<script>rotate 90; zoom 0; zoom 95.; spacefill on; dots on; spacefill 25%; set antialiasDisplay ON</script>
-== Disease ==
+<caption>SN2 - Substitution of Cl&lt;sup>-&lt;/sup> and Methanol</caption>
+<controls>spin quality popup labels</controls>
+</jmolApplet></jmol>
-== Relevance ==
+<p dir='rtl'>
-== Structural highlights ==
+== התמרה נוקלאופילית ==
+</p>
+<p dir='rtl'>
+התמרה נוקלאופילית היא אחת התגובות הנפוצות בכימיה אורגנית. בהתמרה נוקלאופילית אחת הקבוצות הכימיות, הקשורות למולקולה המגיבה, מוחלפת בקבוצה כימית אחרת.
+המולקולה המגיבה נקראת '''סובסטרט'''. הקבוצה הכימית החדשה, אשר נקשרת לסובסטרט, נקראת '''נוקלאופיל''' והיא נוטה למסור אלקטרונים.
+הקבוצה הכימית, אשר מוחלפת, נקראת '''הקבוצה העוזבת'''. הקבוצה העוזבת תהיה בדרך כלל בעלת אופי אלקטרושלילי.
+התמרה נוקלאופילית יכולה להתרחש בשני מנגנוני תגובה עיקריים - S<sub>N</sub>1 ו-S<sub>N</sub>2
+.</p>
+<p dir='rtl'>
+==  S<sub>N</sub>2 מנגנון  ==
+ </p>
+<p dir='rtl'>
+מנגנון  S<sub>N</sub>2 הוא מנגנון חד-שלבי (לעומת מנגנון S<sub>N</sub>1 הדו-שלבי). ב-S<sub>N</sub>2 לא נוצר קרבוקטיון יציב, כמו במנגנון S<sub>N</sub>1. נוקלאופיל נקשר לסובסטרט במקביל להתנתקותה של הקבוצה העוזבת. נוצר '''מצב ביניים''', שכולל הן נוקלאופיל הן קבוצה עוזבת, אשר קשורים לסובסטרט בקשרים חלשים. לאחר מכן הקבוצה העוזבת ניתקת מהסובסטרט ואילו הנוקלאופיל נקשר לסובסטרט סופית. במנגנון  S<sub>N</sub>2 בשלב קובע קצב התגובה (היווצרות מצב ביניים) משתתפים שני מגיבים ולכן קצב התגובה יושפע מריכוזים של שניהם (הן של הסובסטרט הן של הנוקלאופיל). לכן בשם המנגנון מופיעה ספרה 2, המעידה על  כך ששלב קובע קצב התגובה הוא דו-מולקולרי. באיור הבא ניתן לראות ניסוח כללי לתגובה במנגנון  S<sub>N</sub>2:
+</p>
+[[Image:Mechanismus der SN2- Reaktion V.3.svg.png|500px]]
+== S<sub>N</sub>2  {{RTL | ומתנול במנגנון}}  Cl<sup>-</sup> {{RTL |התמרה נוקלאופילית של}} ==
+<p dir='rtl'>
+<jmol><jmolLink><script>anim mode once; frame range 1 10; delay 0.5; frame play</script><text>התגובה מתחילה</text></jmolLink></jmol> על ידי יצירת מצב ביניים - יון הכלור (הנוקלאופיל) נקשר בקשר חלש למולקולת המתנול (הסובסטרט) וקבוצת הידרוקסיל (הקבוצה העוזבת) מתחילה להתנתק ממולקולת הסובסטרט. במצב הביניים ניתן לראות כי שתי הקבוצות קשורות לסובסטרט בו-זמנית.
+<jmol><jmolLink><script>anim mode once; frame range 11 20; delay 0.5; frame play</script><text>בהמשך התגובה</text></jmolLink></jmol> הקבוצה העוזבת ניתקת לחלוטין מהסובסטרט במקביל להיווצרות הקשר הסופי עם הנוקלאופיל וקבלת התוצר
+.</p>
+[[Image:reaction_scheme_sn2.jpg|550px]] <br>
+<p dir='rtl'>
+ניתן לעבור בין הייצוגים השונים של המולקולות באנימציה ולשלוט במאפייני האנימציה על ידי לחיצה על הכפתורים שלמטה
+.</p>
+<jmol>
+<jmolButton><script>frame 1</script><text>First</text></jmolButton>
+<jmolButton><script>frame prev</script><text>Previous</text></jmolButton>
+<jmolButton><script>anim mode once; frame 1; delay 0.5; anim on</script><text>Play</text></jmolButton>
+<jmolButton><script>frame next</script><text>Next</text></jmolButton>
+</jmol>
+<jmol>
+<jmolButton><script>frame all</script><text>All frames</text></jmolButton>
+<jmolButton><script>animation mode palindrome 0.5 0.2; anim on</script><text>Loop backwards and forward</text></jmolButton>
+<jmolButton><script>if(_animating);anim off;else;frame play;endif</script><text>Toggle animation</text></jmolButton>
+</jmol>
+<jmol>
+<jmolButton><script>spacefill 90; dots on; wireframe 30;</script><text>translucent atoms</text></jmolButton>
+<jmolButton><script>spacefill on; dots off;</script><text>spacefilling atoms</text></jmolButton>
+<jmolButton><script>spacefill 90; dots off; wireframe 30;</script><text>backbone</text></jmolButton>
+</jmol>
+The animation was originally done by [[User:Verena Pietzner | Prof. Dr. Verena Pietzner]]; for details, see her web site ChiLe<ref>[http://www.chemieunterricht-interaktiv.de/en/index.html ChiLe Web Site]</ref>. The implementation into Proteopedia was done by [[User:Jaime Prilusky | Prof. Jaime Prilusky]], [[User:Joel L. Sussman | Prof. Joel L. Sussman ]]
+and [[User:Veronika Pelekhov | Veronika Pelekhov]].
+===See also===
+[[SN1 reaction (Hebrew)]]
+[[SN1_reaction|S<sub>N</sub>1 reaction: Substitution of Cl<sup>&minus;</sup> and ''tert''-Butanol ]]
-This is a sample scene created with SAT to <scene name="/12/3456/Sample/1">color</scene> by Group, and another to make <scene name="/12/3456/Sample/2">a transparent representation</scene> of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.
-</StructureSection>
 == References ==
 <references/>